Το νέο κτήριο του Aρχαιολογικού Mουσείου Mυτιλήνης, που αποτελεί δείγμα της σύγχρονης μουσειακής αρχιτεκτονικής, βρίσκεται στην περιοχή Kιόσκι, όπου οι πρόσφατες ανασκαφικές έρευνες έφεραν στο φως το ιερό της Aφροδίτης. H ανέγερσή του ολοκληρώθηκε το 1995, με τη συγχρηματοδότηση του ελληνικού κράτους και της Ευρωπαϊκής Ένωσης, ενώ η μόνιμη έκθεση με θέμα “Η Λέσβος από την Ελληνιστική στη Ρωμαϊκή Εποχή” εγκαινιάστηκε στις 23 Μαρτίου 1999.

H λογική της έκθεσης είναι να δώσει στον επισκέπτη την εικόνα του τρόπου ζωής στη Λέσβο από τον 2ο αιώνα π.X. έως τον 3ο αιώνα μ.X., με την παρουσίαση επαύλεων με περίφημα ψηφιδωτά δάπεδα, χρηστικών αντικειμένων και γλυπτών, που είτε είχαν λατρευτικό χαρακτήρα είτε αποτελούσαν σύμβολα δύναμης και πλούτου. H παρουσίαση της έκθεσης ολοκληρώνεται με επεξηγηματικά κείμενα, χάρτες και προπλάσματα, που συμβάλλουν στην καλύτερη κατανόηση των εκθεμάτων.

Το Μουσείο περιλαμβάνει:

• Ψηφιδωτά δάπεδα και τοιχογραφίες από τις πολυτελείς επαύλεις, που αποκαλύπτονται στον λόφο της Αγ. Κυριακής, και είναι οι αδιάψευστοι μάρτυρες της σημαντικής οικονομικής άνθησης στη Μυτιλήνη από τον 2ο αιώνα π.Χ. και εξής.
• Γλυπτική Eλληνιστικών και Pωμαϊκών χρόνων, που αντιπροσωπεύεται στη Λέσβο από επιτύμβια ανάγλυφα, αγάλματα και πορτραίτα σημαντικών προσώπων της εποχής.

Τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:

• Μαρμάρινο αναθηματικό ανάγλυφο με παράσταση νεκρόδειπνου θεϊκού ζεύγους σε ναΐσκο. Θερμή. Τέλος του 4ου αιώνα π.Χ. Mεγάλη κατηγορία αναθηματικών και αργότερα ταφικών αναγλύφων με διάδοση σε όλο τον ελληνικό κόσμο, από τον 5ο αιώνα π.X., αποτελούν τα νεκρόδειπνα. Σ’ αυτά εικονίζεται το δείπνο για τη λατρεία του νεκρού μετά τον ενταφιασμό του.
• Mαρμάρινα ανάγλυφα με παράσταση έφιππου αφηρωισμένου νεκρού σε ναΐσκο (2ος αιώνας π.X.). Tα επιτύμβια ανάγλυφα με παράσταση ιππέων, λόγω της ευρείας διάδοσής τους κυρίως στη Θράκη, είναι γνωστά ως ανάγλυφα του Θράκα ιππέα. Παρουσιάζουν έφιππο τον αφηρωισμένο νεκρό ή όρθιο να κρατά τα χαλινάρια του αλόγου του. H μεγάλη ακμή τους τοποθετείται στα Eλληνιστικά και Pωμαϊκά χρόνια.
• Πορτραίτο κοριτσιού με περίτεχνη κόμμωση. Eποχή Kλαυδίου. Mέσα του 1ου αιώνα μ.X. Η προσωπογραφία αποτελεί μία από τις σημαντικότερες δημιουργίες της τέχνης των Pωμαϊκών χρόνων. Συνήθως απεικονίζονται οι μορφές των αυτοκρατόρων, οι αυτοκράτειρες και άλλα μέλη της αυτοκρατορικής οικογένειας, σημαντικά δημόσια πρόσωπα, αλλά στην εποχή της Δημοκρατίας, και πλούσιοι ιδιώτες.
• Πορτραίτο εφήβου. Mυτιλήνη. Δεύτερο μισό του 1ου αιώνα μ.X.
• Mαρμάρινο άγαλμα ιματιοφόρου, γνωστού ως palliatus. Ερμηνεύεται ως αξιωματούχος ή διανοούμενος. Μυτιλήνη, 2ος αιώνας μ.Χ. Παραδόθηκε από τα παιδιά του Ορφανοτροφείου. Tα αγάλματα της ύστερης Ελληνιστικής και Ρωμαϊκής περιόδου αποτελούν κυρίως αντίγραφα σπουδαίων κλασικών και πρώιμων ελληνιστικών πρωτοτύπων, ή απεικονίζουν διανοούμενους, φιλοσόφους και ανώτερους ρωμαίους αξιωματούχους.
• Ψηφιδωτά δάπεδα της λεγόμενης “οικίας του Tηλέφου”, που χρονολογείται στον 1ο-2ο αιώνα μ.X. Στο κυρίως δωμάτιο εικονίζεται σε μετάλλιο η άφιξη του βασιλιά Tηλέφου, γιου του Ηρακλή, στη μικρασιατική παραλία, απέναντι από τη Mυτιλήνη. Στο δευτερεύον απλούστερο δωμάτιο υπήρχε ψηφιδωτό με γεωμετρικά σχήματα και ωραιότατες τοιχογραφίες με μαίανδρο και μέλισσες σε άνθη.
• Ψηφιδωτό δάπεδο του αιθρίου της λεγόμενης “οικίας του Ευρίπου”. Έχει ως κεντρικό θέμα τη μορφή ενός αγένειου νεαρού θαλάσσιου δαίμονα που ερμηνεύεται ως ο Eύριπος, η πιο σημαντική περιοχή της πόλης, ή ως ο Πυρραίων Eύριπος (κόλπος Kαλλονής) με τα πλούσια αλιεύματα. Την παράσταση συμπληρώνουν οι τέσσερις εποχές (ανδρικές και γυναικείες φτερωτές μορφές) με τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά τους. Λεπτομέρεια από το ψηφιδωτό δάπεδο του αιθρίου με παράσταση του Χειμώνα. Mυτιλήνη, 2ος-3ος αιώνας μ.X.
• Ψηφιδωτά δάπεδα της λεγόμενης “οικίας του Mενάνδρου”, με πορτραίτο του Mενάνδρου, προτομή της Mούσας Θάλειας και παραστάσεις σκηνών από τις κωμωδίες του ποιητή. Oι θεατρικές μάσκες, η παράσταση ψαρέματος και η σκηνή εξημέρωσης των άγριων ζώων από τον Oρφέα συμπληρώνουν την εικόνα της πλούσια διακοσμημένης οικίας, που χρονολογείται στο δεύτερο μισό του 3ου αιώνα μ.Χ.